A Fisiologia estuda a dinâmica da vida e a Fisiologia Médica, em particular, estuda o funcionamento normal do corpo humano. Este estudo está dependente e envolve não só o conhecimento do funcionamento integrado dos órgãos e sistemas mas também do funcionamento isolado de cada um deles o qual decorre do estudo da função dos seus constituintes celulares dependente da relação entre os organelos celulares e entre as moleculas que os constituem.. Assim, a Fisiologia ao estudar o organismo humano como um todo requer o conhecimento integrado de todos os eventos que ocorrem a nível molecular, celular e dos órgãos.

Da Fisiologia emergiram uma série de ciências biológicas como a Bioquímica, a Biofisica ou as Neurociências (de entre outras), facto que é corroborado pela quantidade de sociedades cientificas e publicações periódicas que emergiram como secções das sociedades ou publicações de fisiologia. Este é um fator que faz com que a Fisiologia tenha, como disciplina cientifica, características especiais: as suas fronteiras não são bem definidas e os fisiologistas constituem-se como um grupo integrador de saberes multidisciplinares (Biologia, Física, Matemática, Química, Engenharia, por ex).

A Medicina foi buscar à Fisiologia os seus princípios e utiliza-a como um estado de referência: é necessário o conhecimento da função dos órgãos e sistemas num indivíduo saudável de forma a poder identificar a doença. Assim, de uma forma simplista, uma grande parte da medicina clínica trabalha com estados fisiológicos anormais que foram postos em evidência por uma determinada doença. Mas, também, a medicina ao estudar as bases de um determinado processo patológico tem contribuído para o esclarecimento de alguns aspetos fisiológicos. Os fisiologistas têm desenvolvidos inúmeras metodologias para o estudo da função normal. Um grande número delas tem sido transferida diretamente do laboratório de fisiologia para o hospital sendo usadas no diagnóstico, no seguimento de uma doença e no estudo da evolução de uma intervenção terapêutica. Exemplos típicos são os métodos usados na monitorização cardíaca, os testes de função pulmonar e de clearance renal, as formas de medição dos níveis plasmáticos de vários iões, gases ou hormonas.

O estudo e o conhecimento dos fenómenos fisiológicos resulta de alguma experimentação realizada em humanos mas sobretudo daquela que tem sido realizada em animais, principalmente mamíferos. Qualquer dos dois tipos tem como objetivo último um melhor e mais profundo conhecimento da normalidade e funcionalidade do organismo humano de forma a que se atue mais eficazmente sobre a doença.

Na disciplinas de fisiologia I e II, o aluno estudará o funcionamento normal, isolado e integrado dos orgãos e sistemas do corpo humano. Para melhor ilustrar alguns princípios fisiológicos serão utilizados exemplos clínicos ou resultados retirados diretamente de experiências animais. Na aulas práticas, o aluno executará alguns gestos – gestos básicos – que lhe permitirão fazer a avaliação de algumas funções no indivíduo normal.

A Fisiologia tem uma posição fundamental, de charneira, no ensino da Medicina, sendo uma ciência básica, que engloba os ensinamentos da normal função de orgãos e sistemas (ou seja da vida), enquadrada nos conceitos de integração e homeostasia, imediatamente antecipa e sugere a disfunção, origem da doença. Seus limites confundem-se com outras disciplinas básicas, como a biologia celular (fisiologia celular) e a bioquímica (química fisiológica), e com várias áreas clínicas como a cardiologia (electrofisiologia cardíaca) e a neurologia (sistemas e circuitos). Para além disso, tem na Medicina uma posição privilegiada para uma profícua relação com outras áreas do conhecimento, que importa desenvolver, como a Biofísica e e Engenharia Biomédica.

O Instituto de Fisiologia da Faculdade de Medicina da Universidade de Lisboa foi fundado em 1911 por Mark Athias, Joaquim Fontes e Ferreira da Mira. Durante os primeiros anos funcionou no edifício da Escola de Medicina do Campo Santana e só a partir 1956, com a construção do Hospital Escolar de Santa Maria, a FML transferiu-se definitivamente para a sua casa atual.

Desde 2004, com a inauguração do Edifício Egas Moniz, o Instituto de Fisiologia ganhou um novo alento e instalações adaptadas às exigências da investigação e docência no séc. XXI. O instituto encontra-se então localizado no piso 1 sector A do Edifício Egas Moniz tendo ao seu dispor uma biblioteca, vários laboratórios de investigação dedicados a mais de uma Unidade de Investigação do IMM, um biotério da FML e alguns gabinetes de trabalho.

Ao longo do século XX o Instituto de Fisiologia contribuiu de forma relevante para o ensino médico e investigação científica em Portugal. O espólio do Instituto, no qual se contam: dispositivos de investigação de valor histórico, um importante número de primeiras edições de livros médicos de renome, bem como edições atuais; está à disposição dos docentes e discentes da FMUL.