O Instituto de Anatomia da FML foi criado em 1911, ainda no velho edifício do Campo de Santana, no âmbito da grande reforma do ensino médico realizada nesse ano. O seu patrono, Henrique de Vilhena, foi o seu primeiro diretor de 1911 até 1948; pelo Mestre, como gostava de ser apelidado, passaram duas sucessivas remodelações curriculares do curso médico, uma menor em 1918, outra mais profunda em 1930. Ele fundou, em 1912 a primeira (e única) revista anatómica da FML – Os Arquivos da Anatomia e Antropologia – que subsistiu até 1990.

No Instituto de Anatomia da FML foi ministrado desde o início, o ensino das duas disciplinas de Anatomia já existentes previamente no curriculum da Faculdade – Anatomia Descritiva e Anatomia Topográfica – respetivamente do 1º e do 2º anos do curso médico. Estas disciplinas anuais, cujos programas variaram sensivelmente ao longo do tempo, correspondiam a duas cátedras homónimas embora, por proposta de Henrique de Vilhena, a cátedra de Anatomia Topográfica tivesse sido extinta em 1918, só sendo reaberta em 1960, já em tempo do seu sucessor.

Este foi o professor Victor Fontes, que dirigiu o Instituto de Anatomia desde 1948 (apesar de ter sido nomeado diretor só em 1951) até 1963 e acompanhou a sua mudança para o Hospital de Santa Maria em 1954/55. Dirigiu antes, também, o Instituto António Aurélio da Costa Ferreira (antigo Instituto Pedagógico Especial da Casa-Pia) em cujo boletim publicou alguns dos seus estudos anatómicos mais importantes, como a monografia sobre a “Morfologia do Cortex Cerebral”, em 1944, baseado numa valiosa coleção de cérebros fetais humanos, que legou ao Instituto de Anatomia. Com Victor Fontes a disciplina de Anatomia Topográfica autonomizou-se e passou a compreender também as matérias do Sistema Nervoso Central e da Estesiologia, o que se manteria depois durante muitos anos. Esta segunda cátedra anatómica foi ocupada por Barbosa Soeiro, que viria a ser diretor do Instituto apenas em 1963/64. Todos estes primeiros professores do Instituto de Anatomia da FML foram também, cumulativamente, responsáveis pelo ensino de Anatomia a pintores e escultores na Escola de Belas Artes de Lisboa; Barbosa Soeiro regeu ainda várias disciplinas da Faculdade de Ciências de Lisboa: Anatomia Comparada, Antropologia, Zoologia.

Em 1964 a direção do Instituto de Anatomia da FML foi entregue ao professor Armando dos Santos Ferreira. Ao longo de quase 28 anos à frente do Instituto (até 1991), este empreendeu as mais profundas modificações efetuadas na Anatomia desde o seu início: o ensino da Anatomia passou a estar mais vocacionado para a clínica, abandonando o carácter meramente descritivo; matérias como o Aparelho Cardiovascular, a Esplancnologia e o Sistema Nervoso, tornam-se relevantes nos programas letivos relativamente à Osteologia, que dominava no tempo de Henrique de Vilhena. O Instituto sofreu grandes remodelações nas suas instalações, nos meios pedagógicos disponíveis e, sobretudo, no corpo docente. A elevação da qualidade pedagógica foi notória, embora limitada pelo aumento descontrolado do número de alunos que todos os anos afluia à Faculdade. Com ele, também, a relação professor-aluno melhorou radicalmente. Os seus principais campos de interesse científico foram as Grandes Vias Linfáticas, sobre o que publicou uma monografia com múltiplas edições em português e em francês, e a Microvascularização, cujos estudos deram azo a várias teses de doutoramento sob a sua orientação. Além da FML, o professor A. Santos Ferreira foi também professor de Anatomia Humana da Faculdade de Farmácia da Universidade de Lisboa. Em seu tempo, na sequência das modificações (e atribulações) produzidas pelo 25 de Abril de 1974, as disciplinas Anatómicas mudaram de nome, em 1981, passando a designar-se Anatomia I e Anatomia II, ambas disciplinas anuais. À primeira correspondia toda a Anatomia Descritiva, excepto a Estesiologia e o Sistema Nervoso Central, que eram lecionados com a Anatomia Topográfica na Anatomia II.

Após o professor A. Santos Ferreira, foi o Instituto dirigido pelo professor José Caria Mendes entre 1991 e 1993. Humanista e pedagogo, dedicou muita da sua atenção à Antropologia Física e à evolução do Sistema Nervoso, como o prova o seu volumoso livro “As Origens do Homem”, publicado pela Fundação Calouste Gulbenkian em 1985.

Mais recentemente, entre 1996 a 1999, coube a direção do Instituto ao professor José David Ferreira, direção que exerceu em conjunto com a do Instituto de Histologia da Faculdade. Durante a sua direção procurou desenvolver a integração entre os diferentes domínios da morfologia normal, pois era sua intenção criar na Faculdade um grande Departamento de Ciências Morfológicas. Neste âmbito, promoveu o regresso à FML de numerosos cientistas portugueses por si iniciados, que se encontravam espalhados pelo estrangeiro, formando um corpo de investigação em Biologia Celular e Molecular referencial no país. Por sua orientação iniciou-se também a modernização do Instituto de Anatomia, revitalizou-se a velha biblioteca e fizeram-se novos laboratórios e salas de aula. O professor David Ferreira foi ainda um dos impulsionadores da atual Reforma Curricular do Curso de Medicina na FML, tendo desempenhado um papel muito ativo na sua preparação e na sua realização. Inclui-se aí a elaboração do novo programa curricular do curso de Medicina em vigor desde 1996, em que as disciplinas de Anatomia, por sugestão do actual regente, são representadas pela Anatomia Normal, anual, no 1º ano do curso, e a Neuroanatomia, semestral, no 2º ano.

Desde 1999 o diretor do Instituto de Anatomia é o Prof. Doutor António José Gonçalves Ferreira.