Em 1969 licenciou-se em Medicina pela Faculdade de Medicina da Universidade de Lisboa. Nos dois anos seguintes concluiu o Internato Geral no Hospital Universitário de Santa Maria e em 1975 terminou o Internato em Cirurgia Geral no Hospital de Santa Maria, no Departamento de Cirurgia e investigador no Centro de Angiografia Reynaldo dos Santos. Depois de ter concluído o Fellowship na Unidade Cardiovascular do St.Mary´s Hospital em Londres com Mr.H.H.G.Eastcott, em 1978 especializou-se em Cirurgia Vascular no Hospital de Santa Maria. Quando cumpriu o Serviço Militar no Hospital Militar da Estrela foi Cirurgião Geral e Vascular, com a responsabilidade por uma enfermaria e urgência geral e vascular. Recebeu o Prémio Nacional Prof. João Cid dos Santos pela investigação da “Importância da Metodologia não Invasiva para a Avaliação de Doenças” Venosas, em 1980. Entre 1980 a 1984 especializou-se em Cirurgia na Unidade Académica Cirúrgica Chefe de Serviço (Urgência do Hospital de Santa Maria).  Responsável pelo ensino pré-graduado de Cirurgia Geral e Vascular e especialista na Unidade de Cirurgia Vascular. Doutorou-se em 1985 com a tese em “Doença da Artéria CarótidaImportância do Exame Doppler Ultrasom para o Diagnóstico e Avaliação depois da Cirurgia da Carótida”. Foi nomeado Chefe de Serviço do Serviço de Cirurgia Vascular do HSM em 1989. Em 2002 foi nomeado Professor Catedrático de Cirurgia da FMUL.Em 2005 foi eleito Diretor da Faculdade de Medicina de Lisboa, cargo que dirigiu até 2015. Desde 1986 é o fundador e Diretor do Instituto Vascular de Lisboa, uma Instituição privada que em 1999 ficou a chamar-se de “Instituto Cardiovascular de Lisboa”. Autor de vários artigos publicados em várias revistas nacionais e estrangeiras, participou em inúmeras palestras sobre Cirurgia Geral e Vasculares. Participou em vários cursos internacionais de Angiologia e Cirurgia Vascular em vários continentes. É membro de várias Sociedades Científicas e Organizações Interncionais como Society for Vascular Surgery (USA) as distinguished fellow ou International Cardiovascular Society. José Fernandes e Fernandes, nome cimeiro da Cirurgia Vascular, após 40 anos dedicados a esta área da Medicina jubilou-se em 2017