À Área de Pós-Graduação da FMUL, compete, em termos gerais, a gestão de todos os processos administrativos e pedagógicos e científicos relativos à formação pós-graduada na FMUL.

Unidade de Mestrados, Doutoramentos e Cursos não Conferentes de Grau 

Compete, em termos gerais, assegurar os processos relativos à gestão administrativa dos cursos.

Unidade de Provas Académicas e Certificação

Compete, em termos gerais, organizar e executar os procedimentos relativos a provas académicas de mestrado e doutoramento e a certificação dos estudantes nas várias fases do processo académico.

Unidade de Apoio e Gestão à Pós-Graduação

Compete, em termos gerais, a gestão dos processos de mobilidade, apoiar a criação de novos cursos e promover, produzir e disponibilizar informação de apoio à decisão.

Unidade de Formação Contínua

Compete, em termos gerais, instruir, planear, realizar, organizar e divulgar os cursos de formação contínua, bem como assegurar a sua gestão administrativa, financeira e logística.