As unidades estruturais da FMUL são Clínicas Universitárias, Institutos, Laboratórios, Áreas Disciplinares Autónomas e Unidades de Investigação Autónoma, coordenadas por um Diretor, preferencialmente com carreira universitária, nomeado pelo Diretor da FMUL, sob proposta do Conselho Científico, e que:

• Asseguram o ensino da respetiva área científica;
• Fomentam a investigação científica;
• Coordenam a sua ação com a estratégia científica e pedagógica da FMUL;
• Fomentam as atividades de prestação de serviços, assegurando a sua gestão em cumprimento com a legislação em vigor.

Para efeitos de coordenação estratégica, de articulação de ensino e investigação, as Unidades Estruturais da FMUL podem associar-se em Áreas Pedagógicas, de acordo com o modelo de organização do ensino no Mestrado Integrado em Medicina.