Nasceu em Lisboa em 1944 e aqui faleceu em 2016.Possuidor de uma inteligência brilhante licenciou-se em Medicina, em 1968, pela Faculdade de Medicina da Universidade de Lisboa. Em 1971 rumou a Nova Iorque onde permaneceu até 1984, onde integrou Departamento de Neurocirurgia do New York Neurological Institute, Columbia Presbyterian Medical Center. Foi investigador bolseiro da Fundação Fullbright e da Fundação Matheson e, posteriormente, nomeado professor associado de Neurocirurgia da mesma Universidade, com tenure.
A partir de 1984 foi nomeado professor catedrático de Neurocirurgia pela Faculdade de Medicina de Lisboa. Foi igualmente diretor do Serviço de Neurocirurgia do Hospital de Santa Maria e em 2015 tornou-se professor emérito da Universidade de Lisboa. Foi eleito várias vezes como presidente de vários cargos tanto na FMUL como no HSM. Exerceu vários cargos públicos como Presidente do Conselho Nacional de Ética para as Ciências da Vida, Presidente da Comissão de Ética do Hospital CUF, Presidente da Comissão Nacional dos Centros de Referência do Ministério da Saúde, Presidente da Comissão de Ética da Fundação Champalimaud. Foi mandatário nacional de candidaturas para a presidência da República e Conselheiro de Estado. Pertenceu a várias sociedades científicas profissionais como American College of Surgeons ou World Academy of Neurological Surgery e a vários Conselhos Editoriais como o British of Neurological Sciences ou Neurology (India). Em 2004 foi criado o Instituto de Medicina Molecular João Lobo Antunes na FMUL. Recebeu ainda várias nomeações, prémios e condecorações.
Durante a sua vida publicou ainda uma dezena de livros e cerca de duas centenas de artigos científicos.