Com o objetivo global de potenciar as capacidades científicas, pedagógicas e assistenciais, a FMUL estabelece regularmente, protocolos com outras instituições que partilham desses mesmos objetivos.

Foram celebrados, a 3 de outubro de 2011, um protocolo de colaboração entre a FMUL e o HPP Lusíadas, S.A. e a 23 de dezembro de 2011, outro protocolo de colaboração entre a FMUL e o Hospital da Luz, S.A.

Estes protocolos visam a realização de acordos de cooperação entre disciplinas e/ou áreas básicas e clínicas da FMUL e estruturas hospitalares ou extra-hospitalares dos HPP Lusíadas e Hospital da Luz, que possibilitem a elaboração de projetos de ensino e de investigação médicos, com participação de elementos designados das instituições.

No passado dia 11 de maio de 2012, foram assinados mais dois protocolos: o protocolo de associação entre o CAML e a HPP Saúde – Parcerias Cascais SA. e o Protocolo de Cooperação entre o CAML e o IPOL – Instituto Português de Oncologia de Lisboa Francisco Gentil, EPE.