A Clínica Universitária de Medicina 2 tem como objectivo fundamental o ensino da Área de Medicina Interna em articulação com as várias Especialidades Médicas no 5º Ano do ciclo clínico do MIM. Este ensino desenvolve-se em estreita ligação com a actividade assistencial do Serviço de Medicina 2. Paralelamente tem uma função crucial no ensino pós graduado de Internos do Ano Comum, de Internos de Especialidade de Medicina Interna e de todas as Especialidades Médicas com período de formação em MI. A actividade de Investigação Clínica é igualmente uma importante missão da Unidade incluindo uma colaboração especial com o Laboratório de Imunologia Clínica da FMUL e do IMM.
As áreas de Investigação incluem as relativas às Doenças de base Imunológica da Medicina Interna com especial ênfase nas Imunodeficiências Primárias e Secundárias e patologia Autoimune.
Esta actividade desenvolve-se em estreita colaboração com o Laboratório de Imunologia Clínica.
Outra área de investigação que se procura desenvolver pela importância na formação pós graduada dos médicos é a investigação centrada em aspectos epidemiológicos da Actividade Clínica e de resultados assistenciais ("outcomes research").